הבאנו את מקורותיו של רש”י מחז”ל, שהרי רש”י מביאם בשינוי לשון ובכך ניתן יהיה להשוות ביניהם ובכך לסייע לומד לראות מה בא רש”י לחדש. כמו כן ניקדנו את הפסוקים המובאים בדברי רש”י והשלמנו את לשון הפסוקים.
לתרגום: תרגמנו את המילים בהם התרגום שינה מלשונו הפשוט של החומש כדי להראות את אשר בא התרגום לחדש.
לרמב”ן: פיסוק וקיטוע ומראה מקומות, ובעיקר להביא מקורות מהזהר ושאר ספרי חכמת הנסתר לדברי הרמב”ן כאשר מפרש על דרך האמת. ועל אף שמקובל שלא היה לרמב”ן את הזהר, אבל כל א’ שילמד חמש הערות שלנו, יראה שקשה לומר כך, ויותר מסתבר שהיה לו.
ר’ בחיי: פיסוק וקיטוע ומראה מקומות, ובעיקר להביא מקור לדבריו אותם מביא בדרך הקבלה מהזהר ושאר ספרי חכמת הנסתר.
ויש לשים לב שרש”י רמב”ן ורבינו בחיי תלמידו משותפים בכך שהמה ראשונים שהם באותו קו בלימוד החומש דהיינו שהם בדרך כלל מבוססים מאוד על דברי חז”ל ומתחשבים בדבריהם, בשונה מהאבן עזרא, רשב”ם והספורנו (אשר לומדים המקרא בעיקר כפשוטו ולאו דווקא ע”פ דרשות חז”ל) ולכן לההדפיס חומש הכלול משלשתם יחד יהיה לתועלת גדול לעמלי התורה.